国税庁が提供している納税方法のひとつに「ダイレクト納付を利用した予納（予納ダイレクト）」があります。
この予納ダイレクトを利用した場合に、確定申告を行ったあと、最終的な納税額の精算はどのように行われるのでしょうか。
ブログ筆者が探したところでは、国税庁ホームページを見てもいまいちこの点がはっきり書かれていないので、この記事で紹介しておきます。
結論
情報をお探しの人向けに結論から書くと、確定申告書の提出後にメッセージボックスに格納される「納付情報登録依頼」に表示される納税額は、「予納ダイレクトで納付済みの税額を差し引いたあとの金額」になります。
例えば、予納ダイレクトですでに9万円を納税済みのところ、確定申告書に記載のある納税額が10万円であるならば、申告書データの送信後に格納される「納付情報登録依頼」の金額は「1万円」になります。
補足
念のためですが、メッセージボックスに保存される確定申告書データの受信通知に表示されている金額は、予納ダイレクトで納付済みの金額はとくに考慮されず、総額が表示されます。（上記の例でいえば10万円として表示される）
納付情報登録依頼は、申告書データに記載のある納税額をもとに、申告書データの受信通知とは別のメッセージとして格納されます。
この格納時点で、予納ダイレクトで納付済みの税額との精算を、国税庁（e-Tax）が自動で処理しており、精算後の差額を納付情報登録依頼として発行します。
よって、納税者側としてはあまり気にせず、納付情報登録依頼からそのまま納付すればよい、という流れになっています。
ちなみに、納付情報登録依頼に格納されるメッセージの備考欄には、
HUBH290I:合計金額は、確定申告により納付が必要となった金額から予納ダイレクトで納付いただいた金額を差し引いた金額となっています。なお、予納ダイレクトで納付いただいた金額の全てを確定申告により納付が必要となった金額に充当できないことがあります。
と表示されています。
中間納付税額には記入しない
確定申告書を作成すると感じることですが、申告書に記載のある納付税額は、すでに予納ダイレクトで納付済みの金額も含まれています。このことから、予納ダイレクトで納付済みの税額を確定申告で改めて納付する必要があるようにも感じられるため、もしかすると不安を覚えるかもしれません。
しかし、この予納ダイレクトのしくみは、先払いで納税用の現金を預けているだけなので、確定申告書の記載には影響しません。
納税額を無理に一致させようとして、「中間納付税額」の欄に予納ダイレクトの納税額を記入すると誤りになります。
参考
予納ダイレクトに関する情報は、次の点もご参照ください。
G-2-2 ダイレクト納付(e-Taxによる口座振替)の手続
電子申告や電子納税など、他の税理士さんがあまり採り上げそうにない、税務の話題をブログに書いています。オンライン対応に特化した税理士です。→事務所HP